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Si al pasar el Tribunal Médico Militar te considera NO APTO, debes iniciarlos trámites de retiro por pérdida de condiciones psicofísicas a instancia de parte, en el siguiente link puedes encontrar mucha información

http://www.guardiasciviles.com/pensiones/todo.asp

Todo depende del resultado del tribunal si se resulve positivo y te considera tu enfermedad como inutilidad para el servicio, comenzarán los trámites para el retiro.