Sin embargo, la excedencia voluntaria afecta negativamente la cuantía de la pensión que se recibirá. Durante este período, el funcionario no cotiza al sistema de Clases Pasivas, lo que significa que el tiempo sin cotización no se computa para el cálculo de la pensión. Para minimizar el impacto, existe la opción de mantenerse dado de alta en MUFACE (Mutualidad General de Funcionarios Civiles del Estado) como mutualista voluntario. Esto le permite al funcionario seguir recibiendo ciertos beneficios, como la cobertura médica y farmacéutica, aunque pierda otras prestaciones relacionadas con los funcionarios en activo, como la protección por contingencias profesionales o la incapacidad temporal. Para ello, el funcionario deberá asumir el coste de las cuotas, tanto las propias como las que corresponderían al Estado.
En resumen, aunque es posible jubilarse durante una excedencia voluntaria y recibir la pensión, los funcionarios deben tener en cuenta las implicaciones económicas de esta decisión, dado que el tiempo sin cotización puede reducir la cantidad final de la pensión.